12°C Монреаль
Новостные ленты заполнены сообщениями о новой вариации коронавируса. Действительно ли вирус мутировал?
В последние несколько недель главной темой “эпопеи” коронавируса стал “Британский” вирус, или, если хотите, “Британский” мутант. Речь идет о том, что в Великобритании обнаружен устойчивый штамм коронавируса SARS-CoV2 который преобладает над остальными.
Этот же вариант, впрочем, уже найден и в других странах, включая Канаду, так что “Британским” он может считаться условно. Главные вопросы, которые сразу же возникли – опасней ли он предыдущего и будут ли на него “работать’” одобренные вакцины?
BANNER
20 декабря European Centre for Disease Prevention and Control (ECDPC) опубликовал информацию о расшифрованной структуре мутировавшего "Британского" вируса и его отличиях от "старого" варианта. Согласно информации ECDPC мы видим, что мутации в какой-то степени затронули спайк-протеин (те самые «шипы» вируса).
Вот самые важные из мутаций - потеря аминокислот (из которых состоит этот протеин) # 69, 70 и 144, и замены аминокислот - N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. Мы знаем, что полная длина спайк-протеина 1273 аминокислоты. Также мы знаем, что спайк-протеин состоит из двух фрагментов - S1 и S2.
S1 отвечает за связывание с рецептором ACE-2 в организме человека, а S2 за последующее слияние, с рецептором, что позволяет вирусу войти в клетку. К фрагменту S1 относятся аминокислоты с 14- 685, к фрагменту S2 аминокислоты 686 – 1273.
Самый важный участок S1 - его область 319–541. Это и есть receptor binding domain (область связывания с рецептором). Прежде всего нужно оценивать свойства нового варианта по изменениям именно в этой области, так как
А) Этот участок первым связывается с рецептором ACE-2 человека;
B) Именно этот участок является главной целью вакцин.
Как понимать обозначение мутации? Первая буква - это обозначение аминокислоты по однобуквенной классификации "до мутации", затем позиция этой аминокислоты в белке, а, затем, обозначение аминокислоты после мутации. Например, самая первая из всех известных мутаций этого вируса D614G означает замену аспарагиновой кислоты (D) в позиции 614 на глицин (G).
Итак, что мы видим в списке новых мутаций с точки зрения того, как они изменили область связывания с рецептором фрагмента S1 спайк-протеина? В эту область попадает замена всего одной аминокислоты в положении 501, аспарагин заместился на тирозин. А вообще, во всем фрагменте S1 произошли 3 потери аминокислот и 4 замены, причем мутация D614G известна еще с конца весны. То есть мутациям подвергся всего 1% фрагмента S1. Более тщательный анализ каждой мутации также возможен, но это отдельная и довольно сложная работа.
Исходя из вышеперечисленных данных мы можем предположить насколько новый вариант вируса опаснее предыдущего. Действительно, "новый” вариант вируса, может отличаться от "старого", так как изменения, хоть и незначительные, находятся в важных участках связывания вируса с рецептором организма человека. В частности, положение #501 как раз является одним из важных мест взаимодействия с рецептором. Можно предположить, что большинство мутаций направлено на увеличение связывающей способности вируса с рецептором.
BANNER
Насколько это серьезно и что теперь будет с вакцинами?
Что касается вопроса эффективности вакцины, то нужно понимать, что вакцина распознает спайк-протеин целиком, а не его отдельные аминокислоты, которые мутировали.
Кроме того, 1% изменений, на мой взгляд, слишком незначительная мутация, чтобы вакцина, "наученная" распознавать старый вариант, не могла распознать новый.
Можно ли сказать, что новый штамм коронавируса опаснее?
По моему пониманию нет. Слишком мал уровень мутаций.
Вирус может чуть легче встраиваться в рецептор, чуть сильнее в нем закрепляться, ну и что с того? Главная проблема этого вируса, которая озадачивает с первого дня - это его непредсказуемость. Значительная часть зараженных вообще не имеют симптомы, некоторые переносят заболевание достаточно легко, некоторые очень тяжело.
Все это факторы конкретного человеческого организма и его иммунной системы. "Сила" или "слабость" вируса здесь фактор вторичный.
Давайте посмотрим на статистику. Великобритания, как центр нового вируса. Пик второй волны пришелся на 13 ноября, примерно 27 000 новых случаев заражения. Затем спад, 30 ноября минимум, примерно 12 000. Затем опять подъем, кстати сегодня очередной максимум, более, чем 53 000. Вроде очевиден фактор мутанта - увеличилась заразность. Но если посмотреть на смертность, которая хотя и скачет день ото дня, но общий график стабилен примерно с 12 ноября.
Смертность не растет, если даже представить, что новый вирус гуляет почти месяц. А это вписывается в общую картину..
Базируясь на научных объяснениях, складывается впечатление, что политический и медийный шум вокруг нового штамма, очередное нагнетание ситуации, закрытие границ недостаточно обоснованы?
Шумиха вокруг нового штамма вызвана рядом обстоятельств:
- Продолжающееся непонимание властями (всех уровней) реальной эпидемической ситуации. Меры носят хаотический характер, они не основаны на реальных фактах. В этой ситуации любой информационный повод раздувается и его значение преувеличивается для того, чтобы показать общественности, что власти держат руку на пульсе.
- Реальный эффект новой вариации вируса, понятный в общем, но все ещё не вполне понятен в деталях. Власти не хотят (или не могут) дать время ученым разобраться, чтобы потом их не обвинили, мол как же вы проворонили. Даже если власти как-то понимают реальную картину. Перекликается с первым пунктом, но природа другая.
- Для увеличения уровня доверия к властям, выгодно увеличить градус опасности: смотрите, что творится, одна надежда и осталась – на наше мудрое руководство.
